Tämä on yksi tärkeimmistä parametreista tablettitietokoneen valinnassa.
iOS - Applen valmistamat taulutietokoneet on varustettu iOS-käyttöjärjestelmällä, joka on erittäin kätevä ja nopea, mutta kyseessä on kuitenkin suljettu järjestelmä, jossa ei ole mahdollista tehdä erityisiä kokoonpanoja ja laajennuksia. Kuitenkin iOS:n sisällä on tällä hetkellä saatavilla suurin osa sovelluksista (apps). iOS on yhteensopiva Applen pilvipalveluiden kanssa, joista useimmissa tapauksissa peritään maksu.
Android on Googlen kehittämä ilmainen käyttöjärjestelmä, joka on samanlainen kuin iOS, mutta siinä on kaikki mahdollisuudet tehdä siihen paljon muutoksia. Lisäksi Android tarjoaa hyvän yhteensopivuuden Googlen ilmaisten pilvipalveluiden kanssa - Gmail, Picasa, Youtube, Maps, Google+, Contacts, Calendar jne.
Windows - klassinen Microsoftin Windows-järjestelmä, joka mahdollistaa kätevien .EXE-sovellusten käytön taulutietokoneessa. On myönnettävä, että tällä hetkellä ne sopivat paremmin pöytätietokoneisiin, joten tämä käyttöjärjestelmä kannattaa valita vain silloin, kun on olemassa jokin Windows-sovellus, jota ilman ei voi pärjätä.
Muut (Bada, MeeGo, WebOS, BrewMP, Symbian) - tällä hetkellä mobiilikäyttöjärjestelmien markkinoilla on saatavilla myös useita eksoottisia käyttöjärjestelmiä edellä lueteltujen lisäksi, mutta silti on otettava huomioon, että suurin taistelu tästä markkinaosuudesta on ohi, joten on syytä olla varovainen, jos valitsee käyttöjärjestelmän, joka ei ole iOS, Windows tai Android, sillä toisin kuin klassisissa tietokoneissa, useimmissa taulutietokoneissa käyttöjärjestelmää ei ole mahdollista vaihtaa tabletin ostamisen jälkeen.